سید محمدخاتمی، رییس جمهوری سالهای اصلاحات دلنوشته‌ای به مناسبت انتشار خبر رد صلاحیت حسن خمینی خطاب به مردم منتشر کرد. در این نامه سیدمحمد خاتمی ضمن اعتراض به دلیل و نحوه رد صلاحیت حسن خمینی، از مردم خواست تا به رغم همه این موارد در انتخابات شرکت کنند« می ماند کاری که ملّت بزرگوار باید انجام دهد: رفتن همگان به پای صندوقهای رأی که علاوه بر تقویت امنیت و ثبات کشور می تواند اولاً: شایستگان بیشتری را به هر دو مجلس بفرستد. ثانیاً: تا حد امکان مردم سالارانه مانع ورود کسانی شود که از آرمانها و خواست اکثریت دورترند.

مردم می توانند با رأی دادن به افراد مورد شناخت خود و نیز به تمامی افرادی که در لیست مورد علاقه خود می بینند کاری کارستان کنند… ان شاالله.»

دل نوشته سید محمد خاتمی در شب بیست و دوم بهمن که در خاتمی مدیا منتشر شد:

به نام خدا
در شب بیست و دوم بهمن هنگامی که مردم آماده حضور در راهپیمایی پرشکوه سالروز پیروزی انقلاب اسلامی می شدند خبر عدم تأیید مجتهد جوان، اندیشور و خوش آینده، نواده شایسته سلسله جنبان انقلاب، حضرت امام (ره) اعلام شد. انتخاب عنوان “مجتهد” برای حاج سید حسن آقای عزیز علاوه بر تشخیص خودم، مستند است به اظهار نظر و اعلام عدّه ای از اعاظم حوزه علمیّه قم که رأیشان حجّت قاطع است و نیز تنی چند از عالمان شورای نگهبان.
درست است که حاج سید حسن آقا، نواده ی امام است و این افتخار بزرگی است، امّا بیش از آن ایشان فرزند خصال نیکوی خویشتن و مرهون استعداد سرشاری هستند که از دو سو به ارث برده اند و نیز تلاش در خور تقدیرشان، ایشان را به مراحل والای دانش دینی (از جمله فقه و اصول) رسانده است و این همه را توأم با روشن بینی، اندیشوری و نواندیشی و آشنایی با جهان امروز و … دارند و این هر دو جهت (یادگار امام بودن و شخصیت ممتاز علمی، اخلاقی و سیاسی) سبب محبوبیت کم نظیر ایشان شده است؛ به گونه ای که حدس زده می شد اگر در انتخابات شرکت کنند رأی بسیار بالایی از مردم خواهند گرفت.
بحمدالله برادران عزیز ایشان نیز که آینده ای درخشان دارند از همین خصوصیات برخوردارند.
علاوه بر آیت الله حاج سید حسن آقا، تنی چند از عالمان بزرگوار در تهران و قم و از جمله مجتهدان جوان دیگر و حتی کسانی که در مرحله ی اول تأیید شده بودند نیز از فهرست تأیید شدگان حذف شدند تا خبرگان رهبری از وجود این عالمان نواندیش و شایسته محروم باشد. و این امر در مورد مجلس شورای اسلامی نیز صادق است.
می ماند کاری که ملّت بزرگوار باید انجام دهد: رفتن همگان به پای صندوقهای رأی که علاوه بر تقویت امنیت و ثبات کشور می تواند اولاً: شایستگان بیشتری را به هر دو مجلس بفرستد. ثانیاً: تا حد امکان مردم سالارانه مانع ورود کسانی شود که از آرمانها و خواست اکثریت دورترند.
مردم می توانند با رأی دادن به افراد مورد شناخت خود و نیز به تمامی افرادی که در لیست مورد علاقه خود می بینند کاری کارستان کنند… ان شاالله.

سیّد محمّد خاتمی
۲۳ بهمن ۱۳۹۴