«تفکیک قوا» تقسیم ساختار حکومت به شاخه های مختلف با محدوه‌های مجزا و مستقل از هم است بطوریکه اختیارات هر بخش در تعارض با اختیارات بخش‌های دیگر نباشد.
در عین حال، برای جلوگیری از تجمع و انحصار قدرت در یک قوه، به هر شاخه از قدرت، توان آن داده می‌شود که در قدرت اعمالی بخش‌های دیگر محدودیت ایجاد نماید. این اعمال محدودیت را اصطلاحا «نظارت و توازن قوا» می‌گویند.
تفکیک قوا و توازن قوا دو اصل بنیادین ساختارهای جوامع مدرن هستند. اما در ساختار سیاسی ایران، با دو پدیده نادر دیگر نیز مواجه هستیم: «تجزیه قوا» و «تداخل قوا».
قوه مجریه به دو شاخه کلی، بخش اقتصادی و بخش امنیتی تجزیه شده است که ریاست بخش اقتصادی (دولت) با رئیس جمهور و ریاست بخش امنیتی (نظامی، انتظامی و اطلاعاتی) با رهبری نظام است. تجزیه قوه مجریه، مهمترین وجه تمایز نظام سیاسی ایران با نظام‌های مدرن دنیا است. البته، در مراتب و با درجاتی پایینتر، شاهد این تجزیه در قوه مقننه هم هستیم. آنجا که علاوه بر مجلس شورای اسلامی، نهادهایی مثل شورای عالی انقلاب فرهنگی و مجمع تشخیص مصلحت نظام هم، مستقیماً و مستقلاً، دست به تدوین قوانین می‌زنند. تجزیه قوا شامل حال قوه قضائیه هم شده است. دادگاه قانون اساسی در نظام قضایی ایران وجود ندارد و وظیفه آن به شورای نگهبان محول شده است. همچنین، دادگاه ویژه روحانیت تقریبا مستقل از قوه قضائیه اداره می‌شود.
مورد دیگر «تداخل قوا» است. در درون قوه مجریه، بخش اقتصادی (دولت) از طریق وزارت اطلاعات مستقیماً پا در وادی بخش امنیتی (حوزه مسئولیت رهبری نظام) گذاشته است. مسئولیت‌های وزارت کشور و وزارت امور خارجه هم با وظایف بخش‌های انتظامی، نظامی و اطلاعاتی همپوشانی و تداخل دارد. از آن طرف، ارگان‌های اقتصادی بزرگ زیر نظر رهبری مثل بنیادها، ستادها و تولیت‌های مراکز مهم مذهبی، در کنار فعالیتهای اقتصادی نهادهای نظامی، نشانه دخالت بخش امنیتی قوه مجریه در بخش اقتصادی آن است. همه اینها، حاکی از تداخل وظایف بخش‌های تجزیه شده قوه مجریه در یکدیگر است.
ایفای نقش مدعی العموم (دادستانی) توسط قوه قضائیه به همراه مدیریت سازمان زندانها نمونه‌های اصلی مداخله قوه قضائیه در قوه مجریه می‌باشد. از آن طرف، وجود سازمان تعزیرات حکومتی زیر نظر بخش اقتصادی قوه مجریه که به دولت مشهور است، مؤید دخالت قوه مجریه در امور قوه قضائیه است.
عضویت رؤسای قوای مقننه و قضائیه در شورای عالی امنیت ملی دخالت آشکار این دو قوه در قوه مجریه است. به عنوان نمونه، سخنان و اعلام مواضع رئیس قوه قضائیه در امور بین‌المللی در جلسات مسئولان عالی قضایی، ناشی از همین حضور ایشان در این نهاد ارشد امنیتی اجرایی است. در عین حال، شاید این حضور و عضویت، مانع از بیطرفی این قوه در پرونده‌های امنیتی گردیده است.
و اما «توازن قوا»: قوه مقننه و قوه قضائیه تقریبا به راحتی و با قدرت می‌توانند دولت (بخش اقتصادی قوه مجریه) را کنترل نمایند. اما این بخش از قوه مجریه، هیچ توانی برای اعمال نفوذ قانونی در قوه قضائیه و قوه مقننه را ندارد و عملا «توازن قوا» مخدوش شده است.
البته، بخش امنیتی قوه مجریه (نهاد رهبری) کاملا و‌ مستقیما بر قوه قضائیه مسلط است. این بخش، با واسطه شورای نگهبان و تا حدودی مجمع تشخیص مصلحت نظام، قوه مقننه را نیز تحت کنترل دارد.
بخش امنیتی قوه مجریه به لحاظ نظری تحت کنترل ناظر مستقلی از قوای دیگر، یعنی مجلس خیرگان رهبری است و دو قوای دیگر و بخش اقتصادی همین قوه (یعنی دولت) کنترلی بر بخش امنیتی قوه مجریه ندارند و «توازن قوا» در این حوزه کاملا در هم ریخته است.

مادامی که کشور بصورت یک سازمان از نوع هیئت مذهبی اداره می‌شد، به علت همگرایی ذاتی این نوع سازمانها، مشکلات ناشی از ساختار نظام جمهوری اسلامی با کدخدامنشی و از خود گذشتگی حل می‌شد. اما از وقتی قرار شد مثل همه جای دنیا کشور را گروه‌ها و اراده‌های سیاسی اداره کنند – به علت واگرایی ذاتی سازمانهای سیاسی – رفع تعارضات به روش سنتی دیگر ممکن نمی‌باشد.
البته استحاله از «مادامی که» به «از وقتی قرار شد» یک شبه حاصل نشده است. بلکه، از روز فردای انقلاب این استحاله تدریجا” آغاز و همچنان ادامه دارد. چه موقع، تناسب این دو‌ گزاره تغییر کرده و وزن انگیزه‌های سیاسی بیشتر از وزن انگیزه‌های مذهبی شده است، بعد از تغییر ساختار و باز شدن صندوقچه‌های اسرار، با تحلیل و بازخوانی تاریخ توسط تحلیلگران، برملا خواهد شد.